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BGI Enfrenta Problema de Información en ADN usando las GPU NVIDIA Tesla

 
 
El Instituto Genómico más Grande del Mundo Usa las GPU en su Trabajo como Pionero de Nueva Era de Medicina Personalizada Costeable
BGI Lab
BGI Lab

BEIJING — GTC Asia — Dic. 14, 2011-- NVIDIA anunció hoy que BGI el instituto genómico más grande del mundo, ha disminuido considerablemente el tiempo necesario para analizar grupos de secuenciación de ADN de casi cuatro días a solo seis horas usando una granja de servidores basados en la GPU NVIDIA® Tesla™.

La mejora en rendimiento se considera un paso crítico en determinar, de forma costeable, los bloques de construcción química que conforman una molécula de ADN. Ésta es la clave para que la industria genómica logre su meta de US$1,000 dólares por genoma – el punto en el que el genoma puede ser usado en diagnósticos clínicos como componente clave del cuidado de un paciente.

"Nos estamos ahogando en la información del genoma que nuestras máquinas de secuenciación de gran volumen crean todos los días," comenta el Dr. Bingqiang Wang, jefe de cómputo de alto desempeño en BGI. "La aceleración en GPU de nuestras aplicaciones de secuenciación de genoma le permite a nuestros científicos procesar datos a mucho mayor velocidad y lograr adentrarse a las bacterias, plantas y humanos mucho antes de lo que era posible. Ofrece el potencial para que los investigadores y profesionales del cuidado de la salud puedan identificar medicinas y tratamientos personalizados altamente efectivos y costeables."

Los investigadores y colaboradores de BGI han desarrollado tres aplicaciones de análisis de datos de genoma que son aceleradas con las GPU NVIDIA Tesla:

  • Alineador SOAP3 – Alinea lecturas cortas de la máquina secuenciadora contra las secuencias de genoma de referencia existentes. Con aceleración en GPU, el alineador SOAP3 puede encontrar tres alineaciones distintas en decimas de segundos por millón de lecturas, en vez de decimas de minutos sin aceleración de GPU. Esto significa que el ensamble y secuenciación de genomas individuales para comparación de los previamente secuenciados y estudiados puede ser ejecutado rápidamente para entender los estados potenciales de enfermedades y tratamientos.
  • GSNP (detección SNP) – Una versión acelerada por GPU del popular software SOAPsnp que detecta variaciones de polimorfismo de nucleótido único (SNP, por sus siglas en inglés) en el ADN de un genoma. Éstas variaciones SNP en el ADN pueden ser usadas para estudiar como los individuos generan enfermedades de forma diferente y responden a bacterias, virus y medicinas.
  • GAMA (herramienta de genotipo de alta resolución) – Encuentra la distribución de ocurrencias o frecuencia de variantes particulares en los genes, como el color de los ojos o el riesgo de cáncer en un set de genes.

"La única forma en la que la ciencia logre la meta de US$1,000 dólares es a través de tecnologías que permitan analizar la información del genoma del ADN más fácilmente y de forma más costeable," comenta Sumit Gupta, gerente del negocio Tesla en NVIDIA. "El cómputo en GPU permite a los investigadores lograr mejoras de rendimiento sobresalientes en aplicaciones científicas, que pueden ayudar a reducir el costo y complejidad de todo tipo de investigación crítica."

BGI hace un revolucionario trabajo en secuenciación de genoma en un amplio rango de formas de vida, que van desde plantas y E.coli hasta un panda gigante, para desarrollar mejores medicinas, mejorar el cuidado de la salud y desarrollar comida genéticamente mejorada. La capacidad de secuenciación de BGI se espera que sobrepase el equivalente a más de 700,000 genomas humanos por año, una dramática mejora sobre los esfuerzos iniciales, que tomaron 13 años para secuenciar un solo genoma.

Las GPU Tesla son aceleradoras masivamente paralelas basadas en la arquitectura de cómputo NVIDIA CUDA®. Los desarrolladores de aplicaciones pueden acelerar las aplicaciones usando CUDA C, CUDA C++, CUDA Fortran, o usando compiladores fáciles de usar basados en directivas.

Para más información sobre BGI, visita el sitio en red de BGI. Para saber más de las GPU Tesla, visita el sitio en red de Tesla. Para aprender más sobre CUDA, visita el sitio en red de CUDA.

Para más noticias de NVIDIA, información de la compañía y productos, videos e imágenes, y otra información, visita la sala de prensa de NVIDIA.

Acerca de NVIDIA
NVIDIA (NASDAQ: NVDA) impactó al mundo de gráficos generados por computadora al inventar la GPU en 1999. Hoy, sus procesadores son el núcleo de un amplio rango de productos que van desde teléfonos inteligentes hasta súper computadoras. Los procesadores móviles de NVIDIA se usan en teléfonos celulares, tabletas y sistemas de información en autos. Los gamers en PC se basan en la GPU para disfrutar de mundos espectacularmente absorbentes. Los profesionales las usan para crear efectos visuales en filmes y diseñar todo, desde palos de golf hasta jets masivos. Y los investigadores que usan la GPU para investigación sobrepasan los límites de la ciencia con cómputo de alto rendimiento. La compañía tiene más de 2,100 patentes a nivel mundial, incluyendo algunas que cubren ideas esenciales al cómputo moderno. Para más información, la.nvidia.com/page/home.html.

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George Millington
NVIDIA Public Relations
(408) 562-7226
gmillington@nvidia.com

Algunas declaraciones en éste comunicado de prensa, pero que no se limitan a declaraciones cómo: el impacto, beneficios de GPU NVIDIA Quadro, y las GPU NVIDIA Tesla; y los efectos de las patentes de la compañía en el cómputo moderno; son declaraciones futuristas y corren riesgos y poca certidumbre que pueden causar resultados materialmente distintos a las expectativas. Factores importantes que pudieran causar que los resultados sean distintos son: nuestra dependencia en terceros para fabricar, ensamblar, empaquetar y probar nuestros productos; condiciones económicas globales; desarrollo de una mejor y más efectiva tecnología; el impacto del desarrollo tecnológico y la competencia; defectos en diseños, fabricación o aplicaciones; cambios en las preferencias y demandas de los consumidores; cambios en las interfaces y estándares de la industria; perdida inexplicable de rendimiento de nuestras tecnologías cuando son integradas en sistemas; al igual que otros factores detallados ocasionalmente en los reportes que llena NVIDIA con la Comisión de Intercambios y Seguridad, SEC en inglés, incluida la Forma 10-Q para el periodo fiscal que finalizó el 31 de Julio, 2011. Copias de los reportes a la SEC están publicadas en el sitio web de la compañía y están disponibles sin cargo alguno. Estas declaraciones futuristas no son garantías de rendimiento en el futuro y se refieren únicamente a la fecha actual, y, excepto cuando se requiere por ley, NVIDIA se guarda el derecho de actualizar estas declaraciones futuristas para reflejar eventos o circunstancias futuras.

© 2011 NVIDIA Corporation. Todos los derechos reservados. NVIDIA, el logo de NVIDIA, CUDA, Quadro, y Tesla son marcas registradas de NVIDIA Corporation en EE.UU. y otros países alrededor del mundo. Otros nombres de compañías y productos pueden ser marcas registradas de las respectivas empresas con las que están asociadas. Características, precios, disponibilidad y especificaciones están sujetas a cambio sin previo aviso.



 
 
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